在「三澤塾」裡有一名巫女遭到了囚禁。主謀者看來是會使用魔法的人物。上条當麻在聽了魔法師史提爾的說明後，卻很乾脆的點頭應允。但史提爾原本的來意，竟然正是為了要上条與他同行。於是，兩人走向了一座在夏日豔陽中矗立的詭異大樓。

魔法師、吸血鬼殺手、禁書目錄，以及上条當麻。

當所有支線交會之際，故事就此開始……